Bonhoeffer wurde am 5. April 1943 verhaftet und in das Wehrmachtsgefängnis Tegel gebracht. Sein Widerstand während dieser Gefangenschaft beschränkte sich auf passive Handlungen.

In erster Linie ging es ihm darum, seine Familie und seine Komplizen zu schützen und sein eigenes Leben nicht in Gefahr zu bringen, um die Kirche nach dem Ende des Dritten Reiches wieder aufzubauen.{vgl. Bindung an Deutschland}

Seine Leitfragen waren dabei: "Wo können wir noch Widerstand leisten?" und "Wo müssen wir uns ergeben?" Dabei war die Abhängigkeit von anderen Inhaftierten sehr wichtig, da man für Verhöre Absprachen treffen mußte, um nicht aufzufliegen. Zu diesem Zwecke, benutzte er ein geheimes, ausgeklügeltes, gewieftes, nahezu perfektes Nachrichtensystem. Bonhoeffer markierte beispielsweise einen Buchstaben auf jeder fünften Seite eines Buches mit einem feinen Bleistiftstrich. Das Buch ließ er dann seiner Familie zukommen. Sie konnte dann die Nachricht dechiffrieren. Außerdem kam ihm ein gutes Verhältnis zu den Gefängniswärtern zur Hilfe (vgl. auch Gedicht: Wer bin ich?). Dadurch konnte er mehr Post als üblich versenden. (Gespräch mit Pfarrer Dr. Martin Heimbucher)

So konnte er seiner Widerstandsgruppe weiterhin, von den führenden Kräften unbemerkt, Nachrichten zukommen lassen.

Durch geschicktes Täuschen und Absprechen vor Verhören mit seinem Schwager Hans von Dohnanyi konnten die Nazis Bonhoeffer nur die Verweigerung der Wehrpflicht nachweisen.

Diese Taktik hatte Erfolg bis die Nazis die "Zossener Akten" (1944) gefunden hatten. In diesen hatte von Dohnanyi die Menschenrechtsverletzungen des Dritten Reiches aufgeführt, und den Tag X geplant an dem das Regime abgesetzt werden sollte. Dieses führte zu der Verlegung Bonhoeffers in den Gestapokeller in der Prinz Albrecht Straße.

Wer bin ich?

Wer bin ich? Sie sagen mir oft,

ich träte aus meiner Zelle

gelassen und heiter und fest

wie ein Gutsherr aus seinem Schloß.

Wer bin ich? Sie sagen mir oft,

ich spräche mit meinen Bewachern

frei und freundlich und klar,

als hätte ich zu gebieten.

Wer bin ich? Sie sagen mir auch,

ich trüge die Tage des Unglücks

gleichmütig, lächelnd und stolz,

wie einer, der Siegen gewohnt ist.